ATP熒光檢測儀利用ATP試劑中若干組分如熒光素-熒光素酶等與被測樣本反應產生光子，再利用專門研制的熒光檢測儀來捕捉和檢測發光值，由于被測樣本所含細菌等微生物的數量與所含的ATP值、以及ATP值與發光值之間存在一定的函數關系，因此通過檢測發光值即能得到被測標本所含細菌等微生物含量。

　　取樣是影響準確性和一致性的關鍵之一，使用時可參照手持式ATP儀說明書采樣、檢測、計算得出結果并記錄報告。一般來說采樣分兩種情況：

　　面積類：將ATP拭子采樣棒一支在物體表面或雙手指曲面從指跟到指端來回涂擦個兩次（一只手涂擦面積約30cm2），并隨之轉動采樣拭子。

　　體積類：將ATP拭子采樣棒一支在待測液體充分浸濕。

　　取樣后檢測：將拭子放入手持ATP儀，獲得被測樣本與細菌污染程度相對應的ATP生物熒光值并判定衛生狀況。